Morbus Crohn ist ebenfalls eine chronisch entzündliche Darmerkrankung. Im Gegensatz zur Colitis ulcerosa kann hier aber der gesamte Magen-Darm Trakt betroffen sein. Typische Symptome sind ebenfalls Durchfälle aber auch abdominelle Schmerzen, Perianalabszesse mit Fisteln und zahlreiche andere Manifestationen. Aufgrund der fehlenden Begrenzung auf einen Darmabschnitt kann der Morbus Crohn nicht mit einer Operation definitiv behandelt werden.